ゆたりんブログ

化学分野で分子のモデリングしたいときは商用のものに頼ることが多かったけどフリーでも完成度が高いものがいくつかあるので、今回はそのうちの一つである 「Avogadro」 について触れてみます。 Avogadro Avogadro - Wikipedia Ubuntuのソフトウェアセンターでは1.1.1がインストール出来ますが、公式サイトを見るとAvogadro2に移行していくみたいですね。今回はそれではなく1.1.1を使っていきます。 ちなみに分子を描くとは言っても以下のような構造式を描くソフトではないです(これはGChemPaintで描いた)。 Avogadroで描くのはこういう分子の姿です(上と同じ分子を描いている)。 操作画面は以下のようになってます(ちょっとインターフェースはカスタマイズしてるけど)。 ちょっと自分でも使い方を調べてる途中だけど、簡単な構造計算なども備えているようです。あと様々な分子構造計算ソフト(GAMESS, GAUSSIAN, MOPACなど)へアウトプットしたりインポートしたりできるので、計算の確認用フロントエンドとしても使えると思います。 マウスでポチポチするだけでも簡単に分子が作れるので結構おもしろいです。こんな風に自動で回転させておくことも出来ます。 また調べておもしろそうな使い方があれば紹介していきたいと思います。それではまた。 とここまで書いてみたけど、自分のブログを振り返ってみたら過去にも同じソフトを紹介してました。これは恥ずかしい…。おまけに過去の記事の方が詳しく書いてあるし…。 ゆたりんブログ: 分子モデリングソフト Avogadro を使ってみる 2008年の記事でござる…。

この記事はfirefoxの動作が重くなるのを改善しようとして、結局出来なかったというものなので役には立ちません。今後また調べるにあたりどんな試行錯誤をしたのかという記録用のものです。 以前こんな記事を書いたが ゆたりんブログ: firefoxが重くなってたのでplaces.sqliteを消してみた どうもあまりfirefoxの動作が軽くなったというわけでもなく、効果が見れなかったので別の方法を探してみた。 まず環境だけ書いておくと Ubuntu15.10 (64bit) Firefox 45.0 (64bit) CPU : Intel Core i5 661 3.33GHz x 4 メモリ : 12GB まず読み込みが重いサイトとしては Togetter、ニコニコ静画の投稿マンガ、いくつかのブログサイト である。ただ重いのは気になる記事やマンガをタブでいくつもバックグラウンド開いて(3〜5つ)後で読もうとしたときである。 重くなると数秒〜十数秒ほど画面のスクロール操作やタブを消すことがすごくもたつくようになる。OSのシステムモニターを見ての判断だが、ネットワークが遅いのではなくページのレンダリング処理などが原因と思う。 ここで思ったのが、タブをいくつも並列で読み込もうと処理をするから重いのであって、単一のタブの処理が終わってから次のタブの処理へ移るようにすればいいのでは？ということだった。探してみると読み込み処理のタブ数を制限できるアドオンがいくつかあったので試してみたが、確かに想定通りの動作にはなったのだが、動作が重くなるのは変わりなかった。 (この時点でよく検索に引っかかるabout:configの値をいじるのは試している。効果は見られなかったが) 前からちょっと気になってたのが、firefoxの動作が重くなってもCPU使用率はそれほど上がらないというのがある。上がってもせいぜい30〜40%程度までしか上がらない。 (ちなみにflashや動画を再生するとそれ以上にはなるが、今回調べてるサイトではそれは関係ない) なぜfirefoxの動作が重くてもCPU使用率が上がらないのか？ もしかしてOS側(Ubuntu)でプロセスの処理を抑制してるのか？と思い、試しに端末で「yes」コマンドを打って見ると80%近くまで上がった

Ubuntuで日本語入力をするときはibusかfcitxのどちらかを使うと思うけど、自分はfcitxを使っています。たとえばmozcと組み合わせて使うと予測変換できるけど、英語の文章を入力するときにも予測変換できないかといろいろ試してみました。 fcitxのアドオンの 「spell」 が英単語の予測変換に使えるようだけど、これを有効にする方法が分からなかった。試行錯誤してなんとか有効にする方法が分かったので、説明用動画を作りました。動画は以下の通り。 ただ動画にもあるように日本語キーボードだとうまく設定できるか分かりません。自分は英語配列のキーボード使ってるのでこの方法で出来ましたけど、他の環境ではどうでしょうかね？ 関連リンク The leading OS for PC, tablet, phone and cloud | Ubuntu Homepage | Ubuntu Japanese Team Fcitx - Fcitx