分子モデリングソフト Avogadro を試してみる(触りだけ)

化学分野で分子のモデリングしたいときは商用のものに頼ることが多かったけどフリーでも完成度が高いものがいくつかあるので、今回はそのうちの一つである「Avogadro」について触れてみます。
Avogadro
Avogadro - Wikipedia
Ubuntuのソフトウェアセンターでは1.1.1がインストール出来ますが、公式サイトを見るとAvogadro2に移行していくみたいですね。今回はそれではなく1.1.1を使っていきます。

ちなみに分子を描くとは言っても以下のような構造式を描くソフトではないです(これはGChemPaintで描いた)。
Avogadroで描くのはこういう分子の姿です(上と同じ分子を描いている)。
操作画面は以下のようになってます(ちょっとインターフェースはカスタマイズしてるけど)。
ちょっと自分でも使い方を調べてる途中だけど、簡単な構造計算なども備えているようです。あと様々な分子構造計算ソフト(GAMESS, GAUSSIAN, MOPACなど)へアウトプットしたりインポートしたりできるので、計算の確認用フロントエンドとしても使えると思います。

マウスでポチポチするだけでも簡単に分子が作れるので結構おもしろいです。こんな風に自動で回転させておくことも出来ます。

また調べておもしろそうな使い方があれば紹介していきたいと思います。それではまた。



とここまで書いてみたけど、自分のブログを振り返ってみたら過去にも同じソフトを紹介してました。これは恥ずかしい…。おまけに過去の記事の方が詳しく書いてあるし…。
ゆたりんブログ: 分子モデリングソフト Avogadro を使ってみる
2008年の記事でござる…。

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