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食品と化学の話 : 酸化防止剤としての二酸化硫黄

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ドライフルーツとなった杏(あんず)が手元にあるわけですが、市販品なので包装に成分表示が貼ってあります。 (ドライフルーツと言っても半生状態ですね) 杏のドライフルーツ それを見ると、単に杏を乾燥させたわけではなく砂糖も使われている模様。食べると結構甘いです。 それはそれとして、成分の中に酸化防止剤として二酸化硫黄なるものが記述されていました。 二酸化硫黄の成分表示 二酸化硫黄というとSO 2 で、調べてみると還元性があり酸化防止剤や漂白剤、雑菌の繁殖防止、発酵食品の発酵制御などに使われているようです。ただ有用な反面、摂取量によっては人体にとって有害という一面もあり、取り扱いに注意が必要な物質となっています。一般家庭では二酸化硫黄そのものを取り扱うことはまず無いでしょうね。 ドライフルーツの独特の風味にはこの二酸化硫黄の寄与もあるそうで、機会があれば使用したものとしていないもので食べ比べしてみたいところです。 スポンサーリンク Amazon商品リンク : ドライフルーツ

化学の話 : シリカゲルについて

シリカゲルとは シリカゲルとは珪酸が部分的に脱水してゲル化したものであり、 組成式SiO 2 ・nH 2 O として表される。多孔質で表面積が大きく、優れた吸着力を持つ。 湿気を除去する、つまり空間の水分を吸着するために使われることで知られる。その他、水以外の分子吸着などにも使用されている。 吸着能力の再生 一度水分を吸着しても加熱して脱水することで、多孔性が維持されているなら再び吸着性を有することが出来る。 吸着能力が残っているかの目安 市販のシリカゲルで青色の粒が入っているものがあるが、それは塩化コバルトCoCl 2 が添加されたもの。この塩化コバルトは乾燥状態では青色で吸水すると赤色となるため、シリカゲルの吸着能力が残っているかの判断に利用することが出来る。 スポンサーリンク Amazon商品リンク : シリカゲル

野菜と化学の話 : 赤い大根の色素について

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赤い大根 よく見かける大根と言えば 大抵は白色や首の部分が緑色のものが多いですね。でもそれ以外に赤い大根というのもあったりします。赤い大根の種類はいろいろとあるようですがここでは細かい話は割愛し、その赤い成分について見ていくことにします。 下の写真は赤い大根を薄切りにしたもの。これは皮から中身まで赤い大根です。赤いと言うより紫色に近いですね。この大根は根だけでなく葉の茎の部分にも赤色が出ていました。 赤い大根の薄切り さて赤い大根は珍しいですが、よく見かけるものとしてはハツカダイコンも皮が赤いです(中身は白色ですが)。 ハツカダイコン 赤い色の正体は? この赤い大根の赤色、ちょっと調べてみると アントシアニン という物質によるもののようです。自然のものは何かと複雑なので他の物質も関連してるのかも知れません。今回はあまり難しく考えずに、とりあえずアントシアニンについてだけ見ていくことにしましょう。 アントシアニンとは アントシアニンは単一の物質を示すのではなく、あるカテゴリーの物質の総称。 まず植物の花や果実の赤、青、紫などの色の物質はアントシアンと総称されるようです。そのアントシアンのうち、配糖体のアグリゴンがアントシアニジンであるもののことをアントシアニンと言うようです。専門用語やら似たような名称やらでなんだかややこしいですね。なかなかに分かり難いですが、それぞれ簡単に解説していきます。 配糖体とは 配糖体とは「糖」に「非糖部(アグリゴン)」がグリコシド結合により結合したもの。括弧書きで書きましたが、非糖部のことはアグリゴンとも呼ばれます。 配糖体 = 糖 + 非糖部(アグリゴン) といった感じ。「糖」と言ってもいろいろ種類がありますが、配糖体の糖はグルコースであるものが多いそうです。 アントシアニジンとは アントシアニジンとはフラボノイドに属するもの。種類は多数なので詳しくは割愛。 適当にまとめると アントシアニジンを配糖体の非糖部(アグリゴン)としているものがアントシアニン、ということになるわけです。 またアントシアンについては色素の総称であったり、アントシアニンとアントシアニジンを含めた呼び方だったりするようです。 アントシアニンの性質 アントシアニンは水やアルコールには可...

化学の話 : 硫黄の地下からの採掘技術(フラッシュ法など)

フラッシュ法 硫黄を地下から採掘する技術としてHerman Fraschという技術者が考案したフラッシュ法(Frasch process)が用いられて来ました。 これは地下の硫黄鉱床中の硫黄を、加熱した水蒸気を地下に送り込むことで融解させて汲み上げることで採掘するという方法。採掘された硫黄は水分を含むため、山積みにして乾燥させていたそうです。 硫黄の融点は115℃なので、それ以上の温度の水蒸気を送り込めば地下の硫黄が融けるという寸法ですね。あとはそれをうまく汲み上げれば採掘できるということでしょう。 ただ石油や天然ガスから脱硫により得られる硫黄があるため、いまではこの方法を用いた採掘は行われていないようです。時代の流れを感じますね。 日本の場合 なお日本でも古くから硫黄の採掘が行われていて、火山のそばでは比較的容易に採掘出来ていたようです。火山性ガスに含まれる硫黄、または火山の熱で溶けた硫黄が熱水と共に地上に出てきて、それらが冷えることで硫黄が析出する、といったところでしょうか。 ただ容易と言っても掘る手間が少ないだけで、そのような場所では有毒な火山性ガスがあるため採掘には危険を伴っていたでしょう。こちらも石油から硫黄が得られるようになると、その採掘は無くなっていったようです。 参考リンク Herman Frasch - Wikipedia Frasch process - Wikipedia フラッシュ法 - Wikipedia 自然硫黄 - Wikipedia 硫黄 - Wikipedia

化学の話 : 乳化について簡単に調べてみました

最近よく聞く「乳化」という言葉 料理動画などで最近「 乳化 」という言葉を聞くことが多いような気がします。 例えば ラーメンのスープを乳化させる スパゲッティのソースを乳化させる などなど。ではこの「乳化」というのはどのようなことを示すのでしょうか?少し調べてみました。 いわゆるところの「乳化」 ニュアンス的には「乳化」とは、油に水(お湯)、または水に油を混ぜて激しく混ぜることで白く濁らせることを言っているようです。混ぜるに際しては鍋を揺すったりしゃもじで混ぜたり、激しく沸騰させたりなどの手段で行うのが一般的な模様。ミキサーやブレンダーなどで機械を使って行うものもありますね。 科学的に「乳化」を見てみる まず「乳化」とは「乳化させる」という行為を示すわけです。さて、水と油のように混ざらない分離した状態を乳化させると一体どのような状態になるでしょう? 「乳」という言葉が使われているので、牛乳のような白く濁った状態になるということなんでしょう。では、その状態を科学的に見てみることにします。 牛乳はなぜ白いのか 乳化した状態を考える前に、まずなぜ牛乳が白い(そして不透明)なのかを見てみることにします。話を短くするために簡略して説明すると、牛乳は水にタンパク質や脂肪分が細かく分散したもの(とここではしておきます)。それらの分散している微粒子が入ってくる光を散乱するため白く濁って見えることになります。 そこから考えると、乳化した状態とは水に何らかの微粒子が分散した状態と言えるでしょう。この状態は科学的には「コロイド」と言います。  (用語の細かい定義の説明は省きます) つまり「乳化させる」とは「何らかの手段によりコロイドの状態にする」ということになるわけです。 では具体的に「コロイド」とは何なのかについて見ていくことにしましょう。 「コロイド」について コロイドとは「コロイド化学」、「界面化学」などの分野で研究されているものです。また物質としてのコロイドを扱うものは多種多様に渡っています。食品、医薬品、大気汚染、塗料などの材料、自然現象などコロイドが登場する場は非常に多いです。 分散する粒子をコロイド粒子と言い、そのコロイド粒子は直径1〜500nm程度。また直径については資料によっては1〜1000nmと...

水分子モデルを回転させてみる

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 水分子のモデルを作って回転させてみたら絵的におもしろかったので動画にしてみました。 rotation of water molecules - YouTube  もっと水分子の数を増やしてやると深淵をのぞくような感じになっておもしろいのですが、なにぶん処理時間も増えてしまうのでなかなか厳しいです。

RasMolという分子構造の可視化ソフトについて

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追記 どうも開発元のサイトがどこなのか追い切れてなかったようで、いま調べた範囲で少し修正しておきます。 分子構造を可視化するソフトとして結構前から使われていたものにRasMolというのがあります。 RasMol (現時点で最新版と思われる) RasMol and OpenRasMol (こちらがそもそもの公式サイトのようだけど、上のサイトに移ってるのかも?) RasMol - Wikipedia 分子でもタンパク質などの巨大分子の可視化が得意のようです。 ただ、最後のリリースが 2009年のバージョン2.7.5.1 2011年のバージョン2.7.5.2です。もう 10 7年近く更新されていないようですが、ソースコードのライセンスはGPLなので、何らかの形で続いていくかも知れないです。 (ソースコードのライセンスには経緯があるようで、バージョン2.7シリーズは2.7.3まではRalMolの独自ライセンスだったようです。) 自分もだいぶ前(2008年)にちょっと使ってみた動画をYoutubeにアップしてますが、結局それからほとんど使っていませんでした。 まぁ自分の用途としてこれまであまり分子を可視化する機会が無かったというだけですが。 更新が止まってるといっても、いまでもUbuntuのソフトウェアセンターにも登録されてるので興味があれば使ってみてはいかがでしょう。 せっかくなのでRasMol(2.7.5.2)をUbuntuにインストールして試してみました。結構軽快に動きますね。 (ただrasmol-classicの方を起動しようとしたらSegmentation faultとなってしまった…) Amazon 分子構造関連の書籍

化学の話 : ニンジン🥕を切ったらプラスチック製のまな板に色がこびりついてしまう

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ニンジン🥕をまな板の上で切ると、特に白いプラスチックのまな板ではニンジンのあのオレンジ色がこびりついてしまいやすいです。みじん切りに細かく切る場合はとくに色がこびりつきます。 このこびりついたニンジンの色は洗剤を付けたスポンジやタワシでごしごし擦ってもなかなか落ちませんが、これを簡単に落とす方法としては 漂白剤に浸ける 日光に晒す サラダ油を垂らして擦る などがあるようです。以前お酢で落ちるか試したことはありますが、そのときはほとんど落ちずに変わりがありませんでした。 さて、まな板の汚れを落とすライフハックはともかくとして、このしつこいニンジンによる色汚れの原因はなんぞや?というのを考えてみることにします。 まぁ検索すればβ-カロテンがニンジンを切った時の汚れの元ってのはすぐ分かりますね。ネットですぐ情報が得られる。便利な時代になったものです。ただそこで話を終わらせるのもつまらないので、ネットの情報などをひっくるめてもうちょっと深堀りして考えてみることにします。 ニンジン🥕とは そもそもニンジンとは何かというと、セリ科の植物でその根の部分が主に食用とされます。よくスーパーで売られているニンジンはオレンジ色のものが多いですが、その他に紫色や黄色のものがあったりもします。で、その根の色の成分がカロテンというわけです。 ちなみにオタネニンジン(別名として朝鮮人参、高麗人参、単に人参とも)もニンジンという名前が付いていますが、種としては別のもの。元々、人参という名はこちらのオタネニンジンの方に付けられていて、後から入ってきたニンジンは形が似ているからという理由で同じ名が使われたようです(区別のために後から入ってきた方はセリニンジンとも呼ばれる)。 なおセリニンジンも中国で改良が進んだ東洋ニンジン、ヨーロッパで改良が進んだ西洋ニンジンがあり、現在日本でよく目にするのは西洋ニンジンの方。日本に伝わったのは東洋ニンジンが16世紀頃、西洋ニンジンは江戸時代後期のようです。 一言にニンジンといってもこのようにいろいろ指すのですが、それだと話がややこしくなるので今回は目にしやすい西洋ニンジンのことをニンジンと表すことにします。 さて、ニンジンは野菜として重宝されてきました。そしてニンジンに含まれる栄養素がなんだとか色素がなんだとかが分かってき...

象の歯磨き粉(Elephant's toothpaste)実験とはなんぞや?

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象の歯磨き粉実験 というのがあるそうなので、ネットで画像や動画を見たら 「あー、あの実験のことね」 と思った次第。 実験の内容としては過酸化水素の分解実験。 分解促進の触媒を加え、洗剤を用いることで多量の発泡が行える。 見た目的にインパクトのある化学実験。 まぁ簡単に説明すればそんなところかと。 反応式や実験条件など詳しくはネットや書籍で調べてみて下さい。 象の歯磨き - Wikipedia Elephant's toothpaste - Wikipedia などなど 実験条件を工夫すればかなり強力な発泡になるようだけど、その分実験の危険度は増していくので要注意。保護メガネをするのはもちろん、発熱するので火傷の危険もあるし、発泡の制御をしくじるとガラス器具による怪我の恐れもあるでしょう。 実験は安全に行ってこそのものなので、事故や怪我をしたらなんにもなりません。 万全を期して詳しい人の指導の下で行うようにしましょう。 Youtubeに上がっている動画をいくつかプレイリストにまとめてみました。

Open Babelの解説 : 化学式や分子モデリングのファイル形式変換ソフト&ライブラリ

Open Babelとは? 化学関係では分子などを記述するための多くのファイル形式がありますが、Open Babelはファイルを別の形式のファイルに変換することが出来るオープンソースソフト及びライブラリです。 分子モデルのファイルを読もうとしてその形式がソフトで対応していない場合でも、Open Babelで読み込める形式に変換するといった使い方が出来ます。またソフト自体がOpen Babelのライブラリを組み込んでいて、特に気にせずに様々な形式のファイルを読めるなんてこともあります。 Open Babel誕生までの簡単な経緯 Open Babelはその名前から分かるように、Babelというプログラムに由来しています。 BabelはPat Walters氏とMatt Stahl氏により書かれたプログラムです。その2人がBabelを新たに書き直そうとスタートしたのがOBabelとなります(完成はしなかった模様)。 そしてOpenEye社がGNU GPLライセンスでMatt氏のアイデアも加わったOELibというものをリリースします。 その後OELibはOpenEye社により書き直され、それは現在OEChemと呼ばれています。しかしこのソースコードは公開されていません。そしてオープンソースのOELibはOpen Babelに名前を変えて現在に至るという状況のようです。 ここまでの話は時期的には2000年代初頭の流れのようです。 またその他にOELibから派生したものとしてJAVAで書かれたJOELibがあります。 参考サイト Frequently Asked Questions - Open Babel OpenEye Scientific Software - Wikipedia Open Babel - Wikipedia JOELib - Wikipedia

3D分子モデリングのファイル形式 : xyzファイルフォーマットについて簡単なまとめ

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何回かオープンソースのAvogadroというソフトを使って3Dの分子模型を作ったりしてますが、ちょっと興味が湧いたのでそこで使われるファイル形式について調べてみることにしました。   分子モデリングソフト Avogadro を使ってみる   カメムシ襲来!(秋の風物詩) 3D分子モデリングソフトで使われるファイル形式はかなり多岐に渡っているのですが、今回はその中のxyzフォーマットのファイルについて見ていきます。 以下はAvogadroで作成したヘキサナール分子をxyzフォーマットで出力したものです。 19 Energy: -1.2963865 C -3.10801 1.54119 -0.01611 C -1.98911 0.51172 -0.00651 H -3.03107 2.21469 0.84346 H -4.08177 1.04347 0.02813 H -3.07614 2.14423 -0.92919 C -0.61452 1.17987 -0.00730 H -2.09119 -0.13997 -0.88185 H -2.09142 -0.12093 0.88305 C 0.50986 0.14459 -0.04847 H -0.51212 1.80130 0.89074 H -0.52732 1.84741 -0.87328 C 1.87735 0.80789 0.07828 H 0.45643 -0.42368 -0.98560 H 0.37858 -0.58071 0.76438 C 2.9749...

カメムシ襲来!(秋の風物詩)

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秋と言えば比較的温かい日にどこからともなくカメムシがやってきます。今年も例にもれず、先日網戸に何匹かくっついていました。 カメムシについて簡単に解説しておくと カメムシはカメムシ科の昆虫の総称で、キンカメムシ、アオクサカメムシ、ナガメなどがいます。俗称としてはヘッピリムシ、屁こき虫、クサムシなどがあります。個人的にはヘッピリムシという呼び名をよく耳にします。またその俗称から分かるように、触ると悪臭を放つ虫です。家の中に入ってきたのを捕まえようとするとすぐ悪臭を放つので、なかなか厄介です。一度悪臭を出されると、カメムシを外に放り出してもしばらくは臭いが残ってしまいます。 ちなみに英語では「stink bug」と呼ばれています。「stink」は悪臭という意味でもあります。 その悪臭の主成分はヘキサナール(青臭さ)、トランス-2-ヘキセナール(草や葉の匂い)のようです。臭い成分に関しては諸説あるようで、カメムシの種類によっても違うのかも知れません。詳しくはカメムシや臭い成分分析の文献や論文を調べる必要があるでしょう。 簡単に臭い成分について触れておくと、ヘキサナールは分子モデルで表すと次のようになります。 高画質版をYoutubeにアップロードしています。 3D分子モデル : ヘキサナール / Hexanal - YouTube またトランス-2-ヘキセナールに関しては以下のようになります。 高画質版はこちら 3D分子モデル : トランス-2-ヘキセナール / trans-2-Hexenal - YouTube 両方の分子ともに炭素原子が6つ、酸素原子が1つと構造が似ていますが、結合が若干異なります。 さてカメムシのお話に戻ると、秋は越冬のため人家に飛来することはあるそうです。外に洗濯物や布団を干しておくと、それにくっついて洗濯物などを取り込んだときに一緒に室内に入ってしまうということもあります。 ※以下、カメムシの写真や動画があるので、嫌いな方は読むのはここまでにしておいた方がいいでしょう… さて、いつもは見つけたらすぐ外へ逃がすだけですが、ちょっと捕まえてその様子を見てみることにしました。網戸に張り付いているカメムシを空いているペットボトルに捕まえました。アップで撮るとこんな感じ。結構たくましい。 捕...

寒くなってきたのでいろいろ暖房を考えてみる

そろそろ夜も結構冷えるようになってきたので、この冬の暖房を考えてみる。 石油ストーブとカーボンヒーター、あとホットカーペットというのは例年通りだけど、灯油代も電気代もなかなか馬鹿に出来ない。 昔ながらに炭を起こして火鉢や囲炉裏、豆炭コタツというのもあるけど、如何せん火災や一酸化炭素中毒の危険が危ない。 そもそも囲炉裏も豆炭コタツも家に置く場所ねーよという。 で、ちらほら熱に関する本を読んでると人間の消費カロリーから計算すると75Wほどの発熱になるとのこと。 単純計算すると14人ほど集まれば1000Wのカーボンヒーターに匹敵するくらい暖かくなるんだろうか? いや部屋に14人も居たら窮屈すぎるし、おもてなしの出費がかさむ。 単に熱源として人間を置いておくというのは、一般家庭だと現実的じゃないですな。 もうちょい調べてみると、熱効率という面ではエアコンのようなヒートポンプが優秀とのこと。 ヒートポンプとは ヒートポンプ - Wikipedia いや、しかしこれも電気代がかかるわけなのだが…。 あー、だったら人間に仕事させて人力ヒートポンプでもやれば効率いいんじゃね?と思い調べてみると、そこそこやってらっしゃる方がいますな。 CiNii 論文 -  「エコエネ実験教室」の開催 : 環境とエネルギーの公開理科実験を実施して(<特集>北海道支部) あ、これは冷やす方のヤツか…。 空気を圧縮するなら自転車の空気入れが使えるので、これをうまく応用してお外と室内を循環させるようなのを作れば原理的にはいけそう。 まぁ人力でシュコシュコやるのが効率的かと言われるとなかなか厳しいっすな。 あとは手回しや自転車発電機でペルチェ素子を使うという案とか(これも格子振動を利用したヒートポンプという分類らしい)。 よくよく考えたら人力でやるのは疲れる。 化学反応を利用したヒートポンプもある。研究されてるのは結構大がかりなので、これもちょっと…。 新技術説明会 様式例 - tama07.pdf 身近にあるのだと使い捨てカイロというのがある。カイロを部屋中にばら撒いて、冷たくなってから酸化鉄になったのを鉄粉に還元できればそれでサイクルは回せそう。(これ、酸欠のリスクとかどうなんだろ?) CO還元で行くなら製鉄設備作っ...

分子モデリングソフト Avogadro を試してみる(触りだけ)

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化学分野で分子のモデリングしたいときは商用のものに頼ることが多かったけどフリーでも完成度が高いものがいくつかあるので、今回はそのうちの一つである 「Avogadro」 について触れてみます。 Avogadro Avogadro - Wikipedia Ubuntuのソフトウェアセンターでは1.1.1がインストール出来ますが、公式サイトを見るとAvogadro2に移行していくみたいですね。今回はそれではなく1.1.1を使っていきます。 ちなみに分子を描くとは言っても以下のような構造式を描くソフトではないです(これはGChemPaintで描いた)。 Avogadroで描くのはこういう分子の姿です(上と同じ分子を描いている)。 操作画面は以下のようになってます(ちょっとインターフェースはカスタマイズしてるけど)。 ちょっと自分でも使い方を調べてる途中だけど、簡単な構造計算なども備えているようです。あと様々な分子構造計算ソフト(GAMESS, GAUSSIAN, MOPACなど)へアウトプットしたりインポートしたりできるので、計算の確認用フロントエンドとしても使えると思います。 マウスでポチポチするだけでも簡単に分子が作れるので結構おもしろいです。こんな風に自動で回転させておくことも出来ます。 また調べておもしろそうな使い方があれば紹介していきたいと思います。それではまた。 とここまで書いてみたけど、自分のブログを振り返ってみたら過去にも同じソフトを紹介してました。これは恥ずかしい…。おまけに過去の記事の方が詳しく書いてあるし…。 ゆたりんブログ: 分子モデリングソフト Avogadro を使ってみる 2008年の記事でござる…。

[ソフト][化学] 化学式作成ソフト Xdrawchem

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Ubuntuで使える化学式作成ソフトはいろいろありますけど、一番使いやすくて高機能だと思われるのは「Xdrawchem」。化学の授業や実験レポート、論文作成に役立つかと思われる。 起動するとこんな感じ↓ 送信者 yutarine photos 適当にいろいろ書いてみた↓ 送信者 yutarine photos 日本語入力も問題なし。保存は、Chemdraw形式やその他様々な形式で可能。 おもしろい機能としては、分子のIRスペクトルの予想なんかができる。NMRスペクトルも可能みたい。 送信者 yutarine photos

Japanese rice-based drinks のヒ素汚染?

Chemistry World で How much arsenic do you drink? なんて記事がありました。なんでも日本の米を使った飲み物に有害なレベルのヒ素が含まれているそうな。 いや、そんなニュース、日本にいる自分、まったく知らないんですけど…。 そもそも「日本の米を使った飲み物」というのは、元記事によると、 みそ汁、シロップ、甘酒 らしいです。最近、ダイエット食として広まっているそうな。 記事では、「米を使った飲み物」のヒ素レベルについて書かれているんですけど、肝心の「米」自体のヒ素レベルに関しては書かれていないんですよね。そこがちょっと謎です。そもそも、その米は日本の米なのでしょうか?それとも別の国の米なのでしょうか? というか、それなら米を常食としている国々でヒ素中毒となるケースが多くなりそうなのですが、どうなんでしょう? ちょっと「はてな?」な記事でした。記事に論文へのリンクがあるんで、そっちにも目を通してみたいと思います。 --追記-- 論文をざっと読んでみました。米のヒ素の汚染についてはさらに参考論文を当たる必要がありますね。この論文でもその辺りはそれらの参考論文を元にしています。 簡単にまとめると 米のヒ素の汚染源は主に農薬や栽培に用いる水だそうです。 で、日本人の尿に含まれるヒ素の量が欧米人と比較してかなり多いとのこと。 う~ん、米から摂取されるヒ素が健康被害が出るレベルなのか、そうでないのかよく分からなかったです。ちょっとこれは追って調べる必要がありそうですね。そういえば、少し前に事故米だの汚染米だのがニュースになってましたしね。

量子化学計算gamessによる水の振動計算

最近、量子化学計算ソフト GAMESS を入手して、なんとか使えるようにコンパイルできたので、ちょっとした計算をやってみた。 http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/ このGAMESSというソフト、一応フリーで入手できるんですけど、開発者にメールを送ったりする手間があります。あと、インストールというかコンパイルするのが結構手間です…。ネットで情報を調べたり、マニュアルを見たりしてなんとかUbuntu上で使えるようになりました。 まぁ、このコンパイル作業だけでもブログに一本記事がかけるんですけど、面倒なのでやりません(笑)。 とりあえず、分子軌道計算などができるのですが、今回は水分子の振動計算をやってみました。計算はGAMESSで行い、その出力結果をJmolというソフトで表示させています。 Jmol: an open-source Java viewer for chemical structures in 3D (注)この動画には並進、回転も含まれています。 GAMESSというソフト、量子化学に関する様々な計算が可能なので、ちょっとずつ使っていきたいと思います。

[科学] カーボンナノチューブ内に金属一次元鎖を作る

カーボンナノチューブ内に金属一次元鎖を作る、なんて記事が Chemistry World で紹介されていました。名古屋大学の研究グループの研究のようです。 Super-thin nanowires made inside nanotubes TEMの写真が載ってますけど、どうやら二重になったカーボンナノチューブ内に金属が入り込んで一列に並んでいるみたいです。 ガラス管にカーボンナノチューブと気化しやすい金属を入れて加熱することで、このような状態にできるとのこと。金属にはユーロピウム、イッテルビウムを用いてるそうですが、その他の金属でもできるだろうとのことです。 おそらく、この金属鎖の物性などはこれから研究されていくと思われます。 しかし、TEMの写真を見る限り、金属はカーボンナノチューブの内側にキレイに入ってますね。でもチューブの外側には金属はくっついていない…。う~む、チューブの内側は金属が入り易いような電子状態にでもなっているんでしょうか? 論文はこちらのようです。 High-Yield Synthesis of Ultrathin Metal Nanowires in Carbon Nanotubes

[科学] 大人になると、怖い体験が忘れにくくなる?

なんて論文が、雑誌「Science」に投稿されていました。 Science 「Perineuronal Nets Protect Fear Memories from Erasure」 SCIENTIFIC AMERICANの60-Second Scienceというコーナーでも、 「Freeing The Mind to Forget」 として紹介されています。 あくまでもラットを使った実験なんですけど、大人になると感情(苦痛?)を司る脳の細胞が、ある分子ネット(?)で囲まれて、感情を忘れにくくなっているそうな。逆に若いラットでは、そのようなネットが少ないので、そういった感情は忘れやすいとのこと。 おまけに、その分子を取り除くような処理をすると、若いラットと同様に忘れやすくなったそうな。 記事を読んだだけだと、この感情というのがトラウマ的なものなのか、日常のささいなイラつきなのかはわかりませんでしたけど、ひょっとしたら大人が些細なことでイライラするのはこれが原因じゃないかなと思ってみたりするわけです。 この研究が進めば、忘れたい記憶を消したり、イライラを解消することができるようになったりできるのでしょうか? ちなみにうちの環境ではアブストラクトしか読めないので、論文全体は見ていないです。 なんか、忘れたい記憶がたくさんあるので、自分の生きているうちにこの研究が進展してくれることを望みます~。というか、忘れたくても忘れられないのは、記事にもあるように大人になったからなのかなぁ?マウスとヒトの脳の違いってのもあるから、一概にそうは言えないですけどね。

[ソフト][化学] tessel2のインストール

Tessel2は、結晶構造をPovray形式にして出力するプログラム。主な使用用途は、結晶構造を綺麗に表示すること。その他の機能については、まだ調べていないので何ともかんとも…。 Tessel Version 2.1 Ubuntu9.04にインストールする場合 マニュアルを読むと、f2cかg77のfortranコンパイラが必要。 ということでUbuntuのf2cで試すが、エラー。Makefileをいじってもダメ。 しかし、Ubunutuのパッケージにgfortranというfortranコンパイラがあったので、Makefileでそれを指定してmake。 Makefileのこの部分を変更。後はmakeをするだけで、tesselのバイナリが生成される。  FCOMPL = g77   ↓  FCOMPL = gfortran コマンドラインベースなので、マニュアルを読まないとさっぱり使えない。とりあえず、exampleにあるファイルは処理してPovrayで出力できたので、どうやらコンパイルは成功して使えるようになっているようだ。

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