UbuntuでGhemicalを使用する方法

分子のモデリング、計算、可視化ソフトにGhemicalというソフトがある。
The ghemical homepage
Wikipedia Ghemical

ソフト自体はかなり高機能なのだが、インストールに結構手間がかかる。
(以前、このブログで紹介したAbogadroと同種のソフト)

幸い、Ubuntu9.04にはパッケージが用意されているので、インストール自体は簡単にできる。しかし、使おうとしてもなぜかまったく起動しないという状況にあった(自分の環境だけかもしれないが)。

まずUbuntuのメニューから起動しようとしても、画面に何も出てこない…。

次にターミナルから起動しようと試みるも
　　$ ghemical

　　GThread-ERROR **: GThread system may only be initialized once.
　　aborting...
　　Aborted

というエラーが出て、起動しない…。最新版のソースコードを持ってきてコンパイルしてみようとするが、途中で挫折…(コンパイル途中でエラーが出たため)。コンパイル環境さえ整えればなんとかなるのだが、面倒なのでもういいや！と放置していたところ、ひょんなことから起動に成功！

起動の仕方は、ターミナルから
　　$ ghemical -p
とオプションを付けて実行すればOK。ここでは"-p"オプションをくっつけてますけど、別に"p"である必要はないみたい。

とりあえず、Ghemicalの起動に成功したので、さっそく使ってみることに。数年前にも使用したことはあるが、あの時はPCのスペックが貧弱で動作が遅かった…。今のPCでは結構サクサク動作。

↓　手始めに水分子を作成、計算、結果表示してみた動画



とまぁ、普通に使えるようになったので、いろんな分子で計算したりしてみようとしたが、mol、xyzのような分子ファイルを開こうとすると、Ghemicalが固まってしまった…。
うわぁ、これじゃ他のソフトで計算したファイルとか読み込めない…。
せっかく使えるようになったのに、ファイルが読み込めないとは…。

しかし、ファイルを開くにはちょっとしたコツがあったわけです。Ghemicalで分子ファイルを開くには…


続く