Ghemicalに分子ファイルを読み込ませる

送信者 yutarine photos

なんとかUbuntu9.04でGhemicalを起動できるようになったのだが、mol、xyzなどの分子ファイルの読み込みができない。

エラーメッセージを読むと、ファイル形式が古いため、取り扱えないかも知れないという記述があった。う～む、ファイル形式が古いとはどういう意味か？

そこで、分子ファイルの形式を変換するソフト OpenBabel
Open Babel
Wikipedia OpenBabel
で、別の形式にファイルを変換にして試してみることにした。

　$ babel -H
とすると、どんな形式のファイルが取り扱えるか一覧がでてくる。その中に
　gpr -- Ghemical format
とGhemical用の形式があったので、これに変換してみることにした。

変換の仕方は以下の通り
　$ babel -imol hogehoge.mol -ogpr hogehoge.gpr
-iオプションで入力ファイルの形式を指定し、
-oオプションで出力ファイルの形式を指定してやる。

さて、できたgprファイルをGhemicalに読み込ませてやると、ちゃんと分子モデルが表示された。

まだ、gprというファイル形式がどういうものか分かっていないので、他の計算プログラムの出力ファイルを適切に取り扱えるかはやってみないと分からない。でも、とりあえずこれでGhemicalでやれることが一通りできるようになった。


↓　カフェイン分子、フラーレン分子のファイルを読み込んでみた動画